Consolidada la posición de la Asociación de Cotos como referente de la caza a nivel nacional y como modelo de gestión de los recursos naturales de un amplio territorio, A.C.C.A. está realizando una serie de trabajos de investigación, dedicados sobre todo a aquellas especies cinegéticas cuyo estatus poblacional requiere de la máxima atención, sin olvidar aquellas que, a pesar de su prosperidad, requieren un mayor conocimiento de los aspectos de su biología menos conocidos para mejorar su gestión y manejo. Así, entre los proyectos más importantes que se están desarrollando, podemos destacar:

• Radiomarcaje de jabalí. Estudio de utilización del hábitat a lo largo del año por el jabalí (Sus scrofa) en el Parque Natural de Gorbeia (zona Norte) y en la Sierra de Cantabria (zona Sur) y análisis del impacto de las batidas de caza sobre su comportamiento.

• Anillamiento de becadas (Scolopax rusticola) en las principales áreas forestales del Territorio Histórico de Álava, para el estudio de sus pautas de migración en colaboración con el Club de Cazadores de Becada (C.C.B.).

• Estudio del desarrollo de la cuerna del corzo (Capreolus capreolus) y su relación con la edad. En virtud de un convenio de colaboración suscrito con la Asociación del Corzo Español, A.C.C.A., y la Universidad de León, se está realizando un estudio comparativo del desarrollo de la cuerna en el corzo a través de ejemplares capturados en todas las regiones de España. Este interesante estudio cuenta además con el apoyo económico de la Fundación Biodiversidad.

• Epidemiología de las micobacteriosis (tuberculosis, paratuberculosis) de interés en sanidad animal y salud pública. Los mamíferos silvestres como reservorio. En colaboración con el Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario - NEIKER.

• Vigilancia epidemiológica en el medio natural de enfermedades de importancia en sanidad animal y salud pública. En colaboración con el Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario - NEIKER.

• Estudio epidemiológico de la coccidioidomicosis en la Comunidad Autónoma Vasca. En colaboración con el Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario - NEIKER.

• Patología del jabalí en estado silvestre. En colaboración con el Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario - NEIKER.